Auf belgischer Ebene betrifft das Nagoya-Protokoll gleichzeitig die Zuständigkeit der Regionen, der Gemeinschaften und der Föderalen Verwaltung. Dies wurde durch die interministerielle Konferenz zur Außenpolitik bestätigt.
2011 haben die Minister der interministeriellen Konferenz „Umwelt“ (IKU) die Notwendigkeit bekräftigt, dass eine Untersuchung durchgeführt werden muss, um die möglichen Folgen einer Ratifizierung des Nagoya-Protokolls für das nationale Recht und die belgischen Rechtsvorschriften zu ermitteln und zu beurteilen. Diese Untersuchung, die von den drei Regionen und auf föderaler Ebene finanziert wurde, wurde von einer repräsentativen Kontaktgruppe der betroffenen Behörden geleitet.
Diese Untersuchung wurde 2013 abgeschlossen und umfasst eine Reihe wichtiger Empfehlungen für die belgischen Akteure. Die Ergebnisse der Untersuchung belegen, dass die Umsetzung der grundlegenden rechtlichen Prinzipen des Protokolls im Interesse Belgiens liegt: die vorherige Zustimmung nach Inkenntnissetzung (Prior Informed Consent, PIC) und der Vorteilsausgleich (benefit‐sharing). Die Ratifizierung des Protokolls hat für Belgien daher Priorität. Die Untersuchung empfiehlt die schrittweise Umsetzung. Der erste Schritt besteht in der Erfüllung der Kernverpflichtungen des Protokolls, um dessen schnelle Ratifizierung zu ermöglichen.
Die Föderalbehörde verpflichtet sich zur Befolgung der Empfehlungen der Untersuchung und zur Einleitung eines Verfahrens zur Umsetzung dieses Protokolls in Zusammenarbeit mit den Regionen und Gemeinschaften.