Der FÖD ist ein unumgänglicher Akteur bei der Umsetzung des Protokolls, mit dem die Umwelt des weißen Kontinents geschützt werden soll.
Auf Grundlage des Gesetzes vom 21. Juli 2017 kümmert sich der Föderale Öffentliche Dienst Volksgesundheit, Sicherheit der Nahrungsmittelkette und Umwelt in Belgien um die Umsetzung des Madrider Protokolls zum Umweltschutz.
Der FÖD ist gleichzeitig Belgiens offizieller Vertreter beim Komitee für Umweltpolitik (EPOC), das vom Protokoll eingerichtet wurde.
Er stellt auch die Umweltgenehmigungen aus, die für alle touristischen oder wissenschaftlichen Besuche belgischer Bürger in der Antarktis erforderlich sind.