La mise en place d’un système à base des principes HACCPe cette méthode ou autocontrôle est une obligation réglementaire pour toutes les entreprises alimentaires (voir Règlement CE n° 852/2004 (EUR-Lex) et l'Arrêté Royal du 14 novembre 2003 relatif à l’autocontrôle, à la notification obligatoire et à la traçabilité dans la chaîne alimentaire (AFSCA) ). Cette obligation s’inscrit dans le principe de responsabilité des producteurs instauré par le Règlement 178/2002/CE du 28 janvier 2002 établissant les principes généraux et les prescriptions générales de la législation alimentaire (EUR-Lex) . La méthode HACCP est également alors une des composantes de l’obligation générale d’autocontrôle (voir arrêté royal du 14 novembre 2003 précité). Pour aider les entreprises alimentaires des guides d’autocontrôle ont été rédigés.
En outre, la même législation contient aussi une obligation légale de traçabilité, le moyen technique d'assurer le traçage et le suivi d'un produit à tous les stades de sa production, de sa transformation et de sa distribution.
Il y a des assouplissements pour les petites entreprises. Vous pouvez les trouver dans l'Arrêté ministériel du 24 octobre 2005 relatif aux assouplissements des modalités d'application de l'autocontrôle et de la traçabilité dans certaines entreprises du secteur des denrées alimentaires (AFSCA).
Dans certains cas, ces opérateurs économiques mettent en place des systèmes d’assurance de qualité dont les exigences vont au-delà des exigences légales (exemples : ISO 9000, ISO 22000, BRC, IFS, …).