Le SPF Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement accorde chaque année des subsides pour la recherche scientifique en appui des politiques de sécurité alimentaire et de santé animale et végétale.
La cellule Recherche contractuelle gère l'élaboration du programme de recherche, le lancement des appels aux propositions de projets et la sélection des projets. Les subsides sont accordés aussi bien à des projets de recherche thématiques (RT) et libres (RF) qu'à des projets de recherche transnationaux (RI).
Les projets RT sont établis à partir de thèmes définis par l'Administration, tandis que les projets RF sont proposés par les chercheurs eux-mêmes. En ce qui concerne les projets RI, les chercheurs belges s'associent à des chercheurs étrangers dans le cadre de consortiums transnationaux. Ces projets portent eux aussi sur des thèmes bien définis. Dans ce contexte, la cellule Recherche contractuelle participe actuellement au réseau Euphresco dans le domaine de la santé des végétaux, et au réseau STAR-IDAZ pour ce qui est de la santé animale.
La cellule Recherche contractuelle est assistée par un Comité d'évaluation. Ce comité se compose de représentants de la Direction générale Animaux, Végétaux et Alimentation, de l'Agence Fédérale pour la Sécurité de la Chaîne Alimentaire, et d'experts des universités belges francophones et néerlandophones. Le ministre de l'Agriculture se base sur l'avis du Comité d'évaluation pour octroyer les subsides.
Les nouvelles connaissances qui résultent des divers projets de recherche sont valorisées au sein de l'administration fédérale par la Direction générale Animaux, Végétaux et Alimentation du SPF Santé publique, et par l'Agence Fédérale pour la Sécurité de la Chaîne Alimentaire.
La cellule Recherche contractuelle, en collaboration avec la Direction générale Animaux, Végétaux et Alimentation, organise un symposium annuel au cours duquel les résultats des projets de recherche financés sont présentés. Ce symposium met en lumière un nouveau domaine de recherche chaque année. Un rapport d'activité est également publié tous les ans.