Der Ausschuss des AKIUP und die Plenarsitzung versammeln sich monatlich für die Ausführung ihrer Aufgaben. Das Büro des AKIUP, das aus Vertretern der Umweltverwaltungen besteht, bereitet die Plenarsitzungen des AKIUP vor. Die Vertreter der betroffenen regionalen und föderalen strategischen Dienste sind ebenfalls Mitglieder der Plenarsitzung. Der Vorsitzende des Büros und der Plenarsitzung des AKIUP ist der Generaldirektor der GD Umwelt des FÖD Volksgesundheit, Sicherheit der Nahrungsmittelkette und Umwelt. Die GD Umwelt stellt auch das Sekretariat des AKIUP.

Für die Absprache über die verschiedenen Umweltfragen werden Sachverständigenausschüsse gebildet. Diese bestehen aus den betroffenen Beamten, die über relevante Fachkenntnisse verfügen.
Die Leitgruppen des AKIUP spielen eine allgemeine Rolle und kümmern sich um:
• allgemeine Umweltthemen wie z. B. Luft, Wasser, Erde, Abfall oder das Klima; oder
• Querschnittsthemen wie z. B. Umweltrecht oder Umweltdatenerfassung und -verarbeitung.

Die Arbeitsgruppen des AKIUP behandeln spezifischere Themen wie Pestizide oder Bienen.
Je nach Bedarf können auch Ad hoc-Ausschüsse gebildet werden, die mit einer zeitlich befristeten Aufgabe beauftragt werden.
Außerdem wird ein AKIUP-Verantwortlicher für jedes Dossier des EU-Rates bestimmt, das einen belgischen Standpunkt erfordert. Dieser ist mit seinem Netzwerk für die Koordinierung des belgischen Standpunktes auf Ebene der Sachverständigen verantwortlich.

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