Puisque l'objectif est de vérifier, pour chaque enzyme alimentaire, si son utilisation est sûre, utile et si le consommateur n'est pas induit en erreur, un processus est en cours en vue d'établir une liste positive des enzymes alimentaires. Une fois que la liste sera d'application, seules les enzymes alimentaires figurant sur la liste pourront encore être vendues et utilisées légalement en tant qu'enzymes alimentaires, pour autant qu'elles soient conformes aux spécifications et aux conditions d'utilisation qui sont également ajoutées à la liste. Les nouvelles enzymes alimentaires ne pourront alors être mises sur le marché que si elles ont d'abord été ajoutées à la liste positive après une procédure d'autorisation. Étant donné que les enzymes alimentaires sont utilisées depuis longtemps , il est nécessaire de prévoir une période transitoire, pendant laquelle les enzymes alimentaires existantes seront soumis à la procédure d'autorisation . La date limite d'introduction des dossiers était le 11 mars 2015. Seules les enzymes alimentaires pour lesquelles un dossier valable a été introduit avant cette date limite, apparaissent sur le registre pendant la phase transitoire. Le registre n'est pas une liste positive, mais correspond à la liste des dossiers qui seront examinés en vue de figurer dans la première version de la liste positive. Les dossiers introduits postérieurement pourront mener plus tard à des ajouts sur cette première liste.
La liste positive concerne des autorisations génériques, comme c'est le cas par exemple pour les additifs alimentaires. Aucun nom de fabricant ne figure donc sur la liste positive. Si une autorisation a été obtenue sur la base d'un dossier introduit par un seul fabricant, d'autres fabricants ainsi que les utilisateurs peuvent donc en profiter. Les dossiers peuvent être introduits par toute partie intéressée, par exemple un fabricant, une fédération de fabricants, un importateur, une entreprise qui utilise des enzymes ou une fédération d'utilisateurs. Pour plus d'informations sur les exigences du dossier et sur la procédure d'autorisation, voir les Règlements n° 1331/2008 et n° 234/2011, ainsi que le guide pratique de la Commission européenne. En bref, on peut dire que tout dossier doit être introduit auprès de la Commission européenne conformément aux exigences. L'EFSA réalise alors l'évaluation des risques. Le reste de la procédure (vérification de critères tels que la non tromperie du consommateur, l'utilité technologique, la nécessité d'un étiquetage, l'adoption de mesures de gestion des risques) est effectué par la Commission européenne assistée des experts des Etats membres selon les règles de comitologie en vigueur.