Perchlorat kommt in der Umwelt natürlich vor, z. B. im Boden der Atacama-Wüste in Chile. Aufgrund des hohen Gehalts in bestimmten Düngemitteln und wegen verschiedener industrieller Anwendungen wie Metallverarbeitung, Papierherstellung, Herstellung von Raketen, Sprengstoffen, Feuerwerkskörpern usw. ist es auch ein Umweltschadstoff. Eine weitere mögliche Quelle ist der Abbau bestimmter Wasserdesinfektionsmittel. Böden, Düngemittel und Wasser sind also mögliche Quellen für Perchlorat und können Lebensmittel wie Obst und Gemüse kontaminieren. 

Im Jahr 2010 wurde Perchlorat von einem internationalen Codex-Alimentarius-Sachverständigenausschuss (JECFA - Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives) als Umweltkontaminante bewertet. Diese Experten kamen zu dem Schluss, dass auf der Grundlage der damals vorliegenden Informationen kein Anlass zur Sorge um die öffentliche Gesundheit besteht. Die Exposition durch Lebensmittel und Wasser war ausreichend niedriger als der festgelegte gesundheitliche Grenzwert. Auswirkungen auf die empfindlichere Bevölkerung schienen ebenfalls ausgeschlossen zu sein. Für diese Bewertung waren nur wenige europäische Daten verfügbar.[Einde van tekstterugloop]Im Jahr 2013 wurde jedoch deutlich, dass Perchlorat in der EU in Lebensmitteln weiter verbreitet ist als bisher angenommen. Daher wurde auf europäischer Ebene beschlossen, mit der Überwachung von Perchlorat in großem Maßstab zu beginnen, und die EFSA (Europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit) wurde um ein Gutachten über die möglichen Auswirkungen auf die öffentliche Gesundheit gebeten. 

Das im Jahr 2015 veröffentlichte EFSA-Gutachten bewertete sowohl die akute als auch die chronische Toxizität von Perchlorat. Die EFSA ist der Ansicht, dass nach dem Verzehr einer Einzeldosis über die Nahrung kein akutes Risiko besteht. Für die chronische Toxizität wurde ein neuer, niedrigerer Schwellenwert für die Gesundheit festgelegt als in der JECFA-Stellungnahme. Die chronische Exposition ist nach Ansicht der EFSA insbesondere für Säuglinge, Kleinkinder und Kinder mit einem höheren Verzehr von perchlorathaltigen Lebensmitteln und mit geringem bis mäßigem Jodmangel potentiell bedenklich. Die Exposition gegenüber Perchlorat kann auch für gestillte Säuglinge von Müttern mit Jodmangel ein Problem darstellen. 

Ein vorläufiger harmonisierter Ansatz für das Risikomanagement wurde 2013 von der Kommission und den europäischen Mitgliedstaaten angenommen und 2015 überarbeitet (GD Gesundheit), wobei die Anwendung am 16. März 2015 begann. Die Überarbeitung, bei der die Referenzwerte soweit möglich gesenkt wurden, ist eine erste Reaktion auf die Schlussfolgerungen des EFSA-Gutachtens. Darüber hinaus fordert die Kommission die Mitgliedstaaten in ihrer Empfehlung 2015/682 (EUR-Lex) auf, noch mehr Daten zu sammeln. Sobald genügend Daten vorliegen, werden in den kommenden Jahren auf europäischer Ebene Diskussionen über Höchstwerte beginnen. 

Natürlich wird auch nach der Ursache der Kontamination gesucht. Als Hauptursache wurden bestimmte Düngemittel mit einem hohen Gehalt an Perchlorat ermittelt. Vor allem in Gewächshäusern hat dies zu höheren Werten in Gemüse geführt, da in Gewächshäusern aufgrund der fehlenden Niederschläge weniger ausgewaschen wird. Inzwischen wird den verwendeten Düngemitteln mehr Aufmerksamkeit geschenkt. Andere mögliche Quellen, wie das verwendete Bewässerungswasser, werden ebenfalls untersucht, hier wurden jedoch noch keine erhöhten Werte festgestellt. Der FÖD Volksgesundheit finanziert auch Untersuchungen zu diesem Thema in Belgien. 

Perchlorat konkurriert mit Jod beim Transport von Jod zur Schilddrüse und kann so die Hormonproduktion beeinträchtigen. Letztendlich kann es daher die Funktionen dieser Hormone im menschlichen Körper beeinträchtigen. Schilddrüsenhormone sind unter anderem wichtig für das Wachstum und die Entwicklung von Säuglingen und Kindern sowie für den Stoffwechsel bei Säuglingen, Kindern und Erwachsenen.[Einde van tekstterugloop]Anfällige Bevölkerungsgruppen sind daher Säuglinge, Schwangere, Föten und Menschen mit Schilddrüsenproblemen oder Jodmangel. 

Weitere Informationen über die Jodaufnahme in der belgischen Bevölkerung und Empfehlungen finden sich in einer Stellungnahme des Hohen Gesundheitsrates (HGR).