Le perchlorate est naturellement présent dans l'environnement, comme dans le désert d'Atacama au Chili. C'est également un contaminant environnemental par ses concentrations élevées dans certains engrais et ses différentes applications industrielles telles que la transformation de métaux, la production de papier, la production de fusées, d'explosifs, de feux d'artifice, etc. Une autre source possible est la dégradation de certains produits de désinfection de l'eau. Le sol, les engrais et l'eau sont donc des sources potentielles de perchlorate, susceptibles de contaminer les denrées alimentaires comme les fruits et légumes.

En 2010, le perchlorate a été évalué en tant que contaminant environnemental par un comité d'experts du Codex Alimentarius, nommé le JECFA - Joint FAO/WHO Expert Committee on Food Additives. Sur la base des données présentées à l'époque, ces experts ont conclu à l'absence de motif de préoccupation pour la santé publique. L'exposition via les aliments et l'eau était en effet suffisamment inférieure aux seuils fixés pour la santé. Même un impact auprès de populations plus sensibles semblait exclu. Lors de cette évaluation, peu de données européennes étaient disponibles.
En 2013 toutefois, il est apparu que le perchlorate est plus présent dans les denrées alimentaires qu'on ne le pensait précédemment au sein de l'UE. En conséquence, il a été décidé au niveau européen de placer le perchlorate sous surveillance à grande échelle et un avis a été demandé à l'EFSA (Autorité européenne de sécurité des aliments) quant aux incidences possibles pour la santé publique.
 

L'avis de l'EFSA publié en 2015 (EFSA) a évalué à la fois la toxicité aiguë et la toxicité chronique du perchlorate. L'EFSA estime que la consommation d'une dose unique de denrées alimentaires ne fait courir aucun risque aigu. Une nouvelle valeur seuil a été fixée pour la toxicité chronique, inférieure à celle de l'avis du JECFA. En ce qui concerne l'exposition chronique, l'EFSA pense qu'elle est potentiellement préoccupante, et cela avant tout pour les nourrissons, les jeunes enfants et les enfants qui consomment en grande quantité des aliments contenant du perchlorate et qui souffrent d'une carence légère à modérée en iode. L'exposition au perchlorate peut également s'avérer préoccupante pour les nourrissons allaités par des mères souffrant de carences en iode.

Une prise en charge harmonisée temporaire de la gestion des risques a été adoptée par la Commission européenne et les États membres en 2013, et revue en 2015 (DG Santé), avec comme date d'application le 16 mars 2015. La révision, associée si possible à un abaissement des valeurs de référence, est une première réaction aux conclusions de l'avis de l'EFSA. La Commission encourage en outre les États membres à récolter davantage de données dans sa recommandation 2015/682 (EUR-Lex). Dès que les données seront suffisantes, un débat européen sur des teneurs maximales pourra débuter.

Bien entendu, la cause de la contamination fait également l'objet de recherches. Certains engrais contenant de fortes concentrations en perchlorate sont la principale cause identifiée. Dans les serres surtout, cette situation a donné lieu à des concentrations élevées dans les légumes parce que l'absence de précipitations dans les serres entraîne un rinçage moins abondant. Dans l'intervalle, une attention accrue a été portée aux engrais utilisés. D'autres sources possibles, comme l'eau d'irrigation, ont également été analysées, mais on n'y a pas encore découvert de concentrations excessives à ce jour. En Belgique, le SPF Santé publique finance lui aussi une recherche sur cette problématique.

Le perchlorate est un concurrent de l'iode dans le transport d'iode vers la glande thyroïde, et peut donc influencer la production d'hormones. Au final, il peut ainsi perturber les fonctions de ces hormones dans le corps humain. Les hormones thyroïdiennes sont importantes notamment pour la croissance et le développement du nourrisson et de l'enfant, ainsi que pour le métabolisme chez le nourrisson, l'enfant et l'adulte.
Les groupes de population sensibles sont par conséquent les nourrissons, les femmes enceintes, les fœtus, les personnes souffrant de problèmes de thyroïde ou de carences en iode.

De plus amples informations sur la situation de l'ingestion d'iode dans la population belge et des recommandations à ce sujet vous sont données dans un avis du Conseil Supérieur de la Santé (CSS).