Pour les salades, les épinards frais et préparés et la roquette, des teneurs maximales en nitrates ont été définies au niveau européen. Les épinards surgelés sont plus importants que les épinards frais pour l'ingestion de nitrates, mais peuvent plus facilement répondre à la norme sur les nitrates parce que la substance peut s'éliminer avec l'eau de cuisson.

Les teneurs en nitrates dans les salades dépendent de divers facteurs, telles que la saison et les conditions de culture (en pleine terre ou en serre). De même, les variations sont importantes selon les différents types de salades: la salade iceberg, par exemple, contient moins de nitrates que les autres salades. C'est pourquoi diverses teneurs maximales ont été définies, chaque fois aussi faibles que raisonnablement atteignables.

Pour la roquette également, où des teneurs en nitrates parfois remarquablement élevées apparaissent, des normes spécifiques ont été fixées.

Pour ce qui concerne les nitrates dans les aliments pour bébés, une norme stricte distincte a été fixée.

Parce que les nitrates, sous l'influence de micro-organismes qui les altèrent, peuvent se transformer en nitrites plus dangereux, la Belgique a également fixé des normes en nitrites  pour l'alimentation particulière destinée aux nourrissons et aux jeunes enfants.  Chez les nourrissons, les nitrites peuvent entraîner immédiatement une cyanose.  Le risque de formation de nitrites est toutefois plus élevé dans le cas d'une purée de légumes que l'on prépare soi-même.

D'autres substances présentes dans les végétaux peuvent également comporter des risques pour la santé.

En Belgique, l’arrêté royal du 29 août 1997 stipule qu’un certain nombre de végétaux sont interdits en tant que ou dans les denrées alimentaires. Il établit par ailleurs les conditions d’utilisation d’une série de végétaux et les teneurs maximales pour certaines substances toxiques pouvant être produites par ces végétaux.

Au niveau européen, il y a eu ces dernières années de nombreuses évolutions dans le domaine des toxines végétales en tant que contaminants dans les aliments. Il existe deux principales sources de toxines végétales dans les aliments. Il y a d’une part, les mauvaises herbes toxiques qui ont été involontairement récoltées et qui n’ont pu être complètement retirées et, d’autre part, les toxines inhérentes à certaines plantes utilisées comme denrées alimentaires.

Les alcaloïdes tropaniques, atropine et scopolamine, qui se trouvent dans la Stramoine (Datura) et donc dans certains aliments comme les céréales, peuvent poser un risque aigu pour le consommateur (publications de l’EFSA de 2013, 2016, 2018). Il existe déjà des normes européennes pour les aliments transformés à base de céréales destinés aux nourrissons et aux jeunes enfants qui contiennent du millet, du sorgho, du sarrasin ou des produits dérivés. Des normes supplémentaires sont en cours d’élaboration, principalement pour les aliments à base de maïs, de millet, de sarrasin et de sorgho, ainsi que pour les infusions à base de plantes.

L' Autorité européenne de sécurité des aliments EFSA a réalisé une évaluation des risques pour les alcaloïdes pyrrolizidiniques (2011, 2015, 2016, 2017). Ces substances toxiques sont cancérigènes et se rencontrent dans certains types de mauvaises herbes dont le Séneçon, la Bourrache et les Héliotropes. Via le pollen des fleurs de ce type de plantes, elles peuvent se retrouver dans le miel, via les graines dans des épices et via les feuilles dans des tisanes et des herbes aromatiques. Au niveau mondial, un guide pour la prévention de la contamination a été élaboré. Afin de protéger les consommateurs, des limites légales européennes sont en cours de détermination  pour le thé et les tisanes, les herbes aromatiques (une contamination élevée de l’origan est fréquente), les épices (graines de cumin) et les compléments alimentaires à base de plantes et de pollen. L’utilisation de la Bourrache comme herbe aromatique, comme  légume ou en infusion est et reste interdite en Belgique. La recherche scientifique financée par le SPF Santé publique a largement contribué à la connaissance de la contamination des denrées alimentaires par les alcaloïdes pyrrolizidiniques et a joué un rôle dans la préparation des décisions politiques.

Certaines plantes contiennent de manière inhérente des toxines végétales, en d’autres mots, elles les produisent elles-mêmes. On retrouve ces toxines dans les graines de pavot, les graines de chanvre, les graines de moutarde, le manioc, les noyaux d’abricots, les graines de lupin, les pommes de terre, ...

La graine de pavot peut contenir une petite quantité d’alcaloïdes opioïdes comme de la morphine et de la codéine. Sa consommation peut entraîner un risque aigu (EFSA 2011, 2018).  La recommandation 2014/662/UE sur les bonnes pratiques visant à prévenir et à réduire la présence d'alcaloïdes opioïdes dans les graines de pavot et les produits qui en contiennent est déjà d’application depuis 2014. Des normes européennes pour la morphine + codéine dans les graines de pavot sont en cours d’élaboration.

Les graines de chanvre contiennent moins de THC (delta-9-tétrahydrocannabinol) que les feuilles et les fleurs, mais la consommation présente des risques aigus. En Belgique, la vente de chanvre comme denrée alimentaire est limitée par l’Arrêté Plantes. Au niveau européen, l’évaluation des risques et l’estimation de l’exposition faites par l’EFSA (2015, 2020) sont à la base de l’élaboration de normes harmonisées européennes.

Dans le cas du colza, des variétés à faible teneur en acide gras érucique sont disponibles depuis des décennies. La graine de moutarde contient aussi beaucoup d’acide érucique. Selon l’évaluation des risques de l’ EFSA (2016) en cas d’ingestion élevée, à long terme, l’acide érucique présente un risque pour la santé cardiaque. Le règlement sur les contaminants contient des normes pour l’acide érucique dans l’huile végétale et, depuis le 28/11/2019, également pour la moutarde (sauce).

Certains aliments contiennent des glycosides cyanogènes, à partir desquels l’acide cyanhydrique toxique aigu (cyanure d’hydrogène) peut être libéré.

  • Les noyaux d’abricots crus sont trop toxiques pour être consommés et peuvent entraîner une mort subite. Le règlement européen sur les contaminants fournit une base juridique harmonisée pour agir.
  • Certaines limites pour le cyanure d'hydrogène sont précisées dans le règlement sur les arômes, par exemple pour le massepain.
  • Il est nécessaire de connaître les produits pour traiter le manioc en toute sécurité : un guide international est disponible au Codex Alimentarius.
  • L’EFSA a effectué en 2019 une évaluation des risques  et a également constaté que la consommation de graines de lin présentait des risques.

Les graines de lupin doivent également être manipulées correctement; elles contiennent des alcaloïdes quinolizidiniques toxiques aigus qui doivent être enlevés ou détruits avant la consommation (désintoxication). En 2019, l’EFSA a publié un avis sur ces toxines.  En Belgique, les lupins sont règlementés par l’Arrêté plantes.

Il est important de conserver correctement les pommes de terre. Il faut les garder au frais, dans le noir, et ne pas acheter ou consommer des pommes de terre vertes (la pomme de terre réagit à la lumière en devenant verte). La toxicité des parties vertes et des pousses de pomme de terre est bien connue. Les pelures et les pousses de pomme de terre contiennent beaucoup plus de solanine et de chaconine (glycoalcaloïdes) que l’intérieur du tubercule. Ces toxines inhérentes sont toxiques et provoquent des douleurs abdominales et des vomissements. Il n’existe actuellement aucune norme européenne ou belge, mais il existe des normes dans d’autres pays de l’UE. L’EFSA a démarré une consultation publique sur le sujet.