Grâce aux bonnes pratiques apicoles, les abeilles restent en bonne santé et sont résistantes aux maladies et ravageurs. Il s'agit par exemple d'appliquer des mesures d'hygiène, de donner la bonne alimentation, de bien choisir le matériel et de lutter correctement contre les maladies et ravageurs.
Le SPF Santé publique, Sécurité de la chaîne alimentaire et Environnement est compétent pour la sécurité des produits animaux. L'Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire (AFSCA) est, pour sa part, compétente pour les autocontrôles de l'apiculture et peut effectuer des contrôles.
L'autorité flamande a créé en 2007 un centre de pratique apicole (Praktijkcentrum Bijen) qui regroupe toutes les activités et actions de communication concernant la santé des abeilles et l'apiculture. Le gouvernement wallon subventionne de son côté l'ASBL Centre apicole de recherche et d’information (CARI) pour exécuter ces activités.
La Flandre et la Wallonie ont également soutenu financièrement l'élaboration d'un 'guide de bonnes pratiques apicoles'. Ce guide rédigé par le secteur et approuvé par l'AFSCA a été distribué aux apiculteurs et autres groupes cibles comme les communes.
Par le biais du programme européen "miel", les autorités régionales (Wallonie etFlandre) sont éligibles à des subsides pour la préservation et la promotion de l'apiculture. Une façon pour les régions de soutenir financièrement les apiculteurs.