Chaque ministre compétent pour l'environnement et/ou la conservation de la nature est représenté au sein du Comité de coordination, en plus des différentes administrations et agences environnementales. Les ministres fédéraux en charge des Affaires étrangères et de la Coopération au développement et leurs administrations respectives sont également membres de ce Comité. La représentation permanente de la Belgique auprès de l'UE est, elle aussi, représentée au CCPIE.
Quand les sujets abordés concernent également d'autres domaines de compétence, le représentant du gouvernement est invité.

La composition détaillée du CCPIE est la suivante :

- un délégué de chaque Ministre ou Secrétaire d’État fédéral ou régional, qui a l’environnement et/ou la conservation de la nature dans ses attributions ;
- un délégué de chaque administration fédérale et régionale en charge de l’environnement et/ou de la conservation de la nature, soit :
     o du département Omgeving) de la Région flamande ; 
     o de Bruxelles Environnement (Institut bruxellois pour la Gestion de l’Environnement ou IBGE) ;
     o de la Direction générale Agriculture, Ressources naturelles et Environnement (SPW-DGARNE) de la Région wallonne ;
- de la Direction générale Environnement du Service public fédéral (SPF) Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement ;
- un délégué du Ministre fédéral des Affaires étrangères ;
- un délégué de la Direction générale des Affaires multilatérales et de la Mondialisation (DGM) du SPF Affaires étrangères ;
- un délégué du Ministre ou Secrétaire d’État fédéral compétent pour la Coopération au Développement ;
- un délégué de la Direction générale de la Coopération au Développement (DGCD) du SPF Affaires étrangères ;
- un délégué de la Représentation permanente de la Belgique auprès de l’Union européenne.

Lorsque le CCPIE doit délibérer sur des matières qui relèvent de compétences d’autres membres du gouvernement fédéral ou des gouvernements régionaux que ceux mentionnés ci-dessus, ces membres sont invités à désigner, sur une base ad hoc, un représentant qui sera chargé de l’examen des points à l’ordre du jour.

Un certain nombre d’organisations sont représentées au sein du CCPIE par un « expert permanent ». Il s’agit de :
• la Vlaamse Milieumaatschappij (VMM) ;
• la Openbare Vlaamse Afvalstoffenmaatschappij (OVAM).