De nombreuses menaces pèsent actuellement sur les cétacés. En général, elles concernent autant les grands cétacés que les petits cétacés. Les menaces historiques existent depuis longtemps et leurs effets sont relativement connus. Il faut cependant constater que de nouvelles menaces sont apparues récemment (exemple : la pollution par les débris marins) et que leurs conséquences sur les populations de cétacés restent encore peu étudiées.

Les cétacés sont donc confrontés à différentes menaces simultanément. Par exemple, si un cétacé parvient à survivre à un empoisonnement causé par des substances chimiques, son système immunitaire sera gravement endommagé. Il finira sans doute par mourir de maladie ou par s’échouer. L’accumulation et la synergie de ces menaces sont très préoccupantes mais ce sujet est encore difficile à étudier.

Plusieurs sociétés et comités scientifiques étudient les mammifères marins et plus particulièrement les conséquences des changements planétaires ainsi que les autres menaces qui pèsent sur leur avenir.

Au niveau belge, plusieurs programmes concernant les cétacés relèvent de la politique scientifique et de l'Institut royal des Sciences naturelles de Belgique (IRSNB) et impliquent le monde académique.

Au niveau européen, la European Cetacean Society regroupe les chercheurs européens en la matière et organise chaque année une conférence, la dernière a eu lieu à Liège du 5 avril au 10 avril 2014.

De manière générale, on distingue :
- Les menaces historiques comme la chasse, les captures accidentelles et les collisions avec les bateaux
- Les nouvelles menaces comme la pollution, le réchauffement climatique, les maladies émergentes,…