Le SPF est un acteur incontournable dans la mise en œuvre du protocole qui protège l’environnement sur le continent blanc.
En vertu de la loi du 21 juillet 2017, le Service Public Fédéral Santé publique, Sécurité de la Chaîne alimentaire et Environnement met en œuvre en Belgique le Protocole de Madrid sur la protection de l'environnement.
Le SPF est aussi le représentant officiel de la Belgique au sein du Comité des Politiques de l’Environnement (CPE), institué par le Protocole.
Il délivre également les permis d'environnement requis pour toute visite touristique ou scientifique de citoyens belges en Antarctique.