Le Bureau du CCPIE et l’assemblée plénière se réunissent tous les mois afin d’exécuter leurs tâches. Le Bureau du CCPIE, où siègent des représentants des administrations environnementales, prépare les réunions plénières du CCPIE. En outre, les représentants des cellules stratégiques régionales et fédérales concernées sont également membres de l'assemblée plénière. Le directeur général de la DG Environnement du SPF Santé publique, Sécurité de la chaîne alimentaire et Environnement préside le Bureau du CCPIE et l'assemblée plénière. La DG Environnement se charge également du secrétariat du CCPIE.

Des groupes d'experts sont constitués pour la concertation au sujet des différents thèmes environnementaux. Ceux-ci rassemblent tous les fonctionnaires concernés ayant une expertise pertinente.
Les groupes de pilotage du CCPIE ont un mandat général et suivent :
• un thème environnemental général tel que l'air, l'eau, le sol, les déchets ou le climat ; ou
• un thème transversal tel que la législation environnementale ou la collecte et le traitement des données environnementales.

Les groupes de travail du CCPIE abordent des thèmes plus spécifiques tels que les pesticides ou les abeilles.
Des groupes CCPIE ad hoc sont constitués, si nécessaire, en vue d'aborder certains points d'attention temporaires.
Un pilote CCPIE est également désigné pour chaque dossier européen au sein du Conseil pour lequel une position belge est requise. Ce dernier est, avec son réseau, responsable de la coordination de la position belge au niveau des experts.