Des instances tant fédérales que flamandes sont actives dans la partie belge de la mer du Nord. Songeons par exemple à la police fédérale ou à la douane qui effectuent des contrôles en mer, à la Protection civile qui intervient pour réduire les pollutions par hydrocarbures en cas de catastrophes ou aux activités militaires menées en mer. Des instances flamandes y sont également actives, telles que les contrôleurs des pêches, l'assistance à la navigation et le pilotage des navires.

Il est donc nécessaire de coordonner de manière optimale, là où cela est possible,  la présence en mer de toutes ces instances. Un accord de coopération a été conclu à cette fin en 2005 entre l'autorité fédérale et la Région flamande pour la création d'une "structure Garde côtière".

La structure Garde côtière règle la concertation entre les différentes autorités compétentes en mer. Elle constitue un cadre de référence pour le développement de collaborations opérationnelles et de partenariats entre ces autorités avec pour objectif de pouvoir intervenir de manière plus efficace en mer.

La DG Environnement et l'Unité de gestion du modèle mathématique de la mer du Nord et de l'estuaire de l'Escaut (UGMM) représentent les intérêts environnementaux au sein de la structure Garde côtière. Les points les plus pertinents en matière d'environnement qui sont discutés dans le cadre de la structure Garde côtière sont :

- Les plans d'urgence pour pouvoir faire face à un accident de navigation majeur;
- La préparation et la mise en œuvre du matériel de lutte contre la pollution géré par la DG Environnement;
- Les interactions entre les parcs éoliens et d'autres activités en mer;
- La surveillance environnementale;
- Le contrôle de l'environnement.