En exécution de la directive "Oiseaux", trois zones ont été sélectionnées dans la partie belge de la mer du Nord comme zone relevant de la directive "Oiseaux" ou zone de protection spéciale : ZPS1, ZPS2 et ZPS3.
Les zones visées par la directive "Oiseaux" ont été sélectionnées sur la base du rapport de l'Unité de gestion du modèle mathématique de la mer du Nord et de l'estuaire de l'Escaut (UGMM) sur l'importance ornithologique des espaces marins belges.

Zone de protection spéciale 1 (ZPS1)

Cette zone visée par la directive "Oiseaux" de 110,01 km2 comprend l'aire marine au large de Koksijde. Elle s'étend depuis environ Nieuwpoort jusqu'à la frontière française et jusqu'à 6 milles marins de la côte. Elle est constituée de bancs de sable fort peu profonds et de dépressions entre ces bancs de sable. À marée basse, les sommets (ou calottes) de ces bancs de sable se trouvent à peine à quelques mètres de profondeur et sont parfois à sec par endroits. Les sommets des bancs, les chenaux et les masses d'eau ont chacun leur propre faune, importante comme source d'alimentation pour les différents oiseaux de mer.

Du fait de la proximité de la Manche, la qualité de l'eau dans cette zone est plutôt déterminée par l'eau qui transite par la Manche que par celle, enrichie de nutriments et de déchets de fret, de l'estuaire de la Meuse, de l'Escaut et du Rhin. La faible profondeur de la zone, en général, l'a rend inaccessible à la navigation. C'est principalement en hiver qu'elle attire les espèces avides de calme (grèbe huppé, plongeon catmarin et macreuse noire). Les grèbes huppés surtout ont une préférence marquée pour la zone où ils viennent parfois nombreux (jusqu'à > 1 % de la population européenne et jusqu'à 15 % de la population totale de notre mer du Nord). Ces dernières années (depuis 2000), on observe davantage de macreuses noires, mais leurs nombres restent cependant généralement limités (en moyenne 449 exemplaires, mais parfois aussi plusieurs milliers).

La zone est aussi importante pour les oiseaux de mer qui y trouvent nourriture (point de ravitaillement) et repos. Elle a été désignée comme zone de protection spéciale en raison de l'intérêt pour le grèbe huppé et la sterne caugek. La zone est également fréquentée par des plongeons catmarins, des macreuses noires, des mouettes pygmées, des goélands bruns et des goélands marins présents en grand nombre. Pour la sterne pierregarin et la sterne naine, cette zone ne revêt aucune importance.

Cette zone et la suivante visée par la directive "Oiseaux" (ZPS2) recouvrent en partie la zone RAMSAR des « Bancs côtiers occidentaux », qui s'étend jusqu'à une profondeur de 6 mètres et a été désignée pour les macreuses et les grèbes huppés (Melanitta nigra, Melanitta fusca, Somatoria molissima et Podiceps cristatus) qui y séjournent.

Zone de protection spéciale 2 (ZPS2)

Cette zone visée par la directive "Oiseaux" de 144,80 km2 comprend la zone marine devant Ostende qui s'étend jusqu’aux environs de l'Oostendebank. Cette zone possède un sous-sol de bancs de sable et de dépressions semblables à la ZPS1, mais aussi une faune importante, source de nourriture pour les différents oiseaux de mer.

Cette zone est elle aussi importante pour les oiseaux de mer comme point de ravitaillement et lieu de repos. Elle a été désignée comme zone de protection spéciale en raison de l'intérêt pour la sterne naine (environ 15 % de la population totale de notre mer du Nord), le grèbe huppé, la mouette pygmée, la sterne pierregarin et la sterne caugek. La zone est également fréquentée par des plongeons catmarins, des macreuses noires, des goélands bruns et des goélands marins en grand nombre.

De grandes parties de la zone sont fortement fréquentées par la navigation. On y observe surtout des sternes et des espèces de mouettes qui profitent de la forte déclivité des chenaux, fourragent dans des zones de courant plus fort ou se ruent sur la nourriture qu'elles trouvent facilement grâce au trafic maritime. Les endroits où le passage des navires est rendu difficile par des bancs de sable peu profonds sont surtout utilisés par des espèces avides de calme (grèbe huppé, plongeon catmarin et macreuse noire).

Zone de protection spéciale 3 (ZPS3)

La zone ZPS3 de 50,95 km2 comprend la zone marine devant Zeebrugge. La zone revêt un grand intérêt économique en tant qu’accès au port de Zeebrugge.  Un certain nombre d'espèces benthiques - des espèces qui vivent dans et sur les fonds marins - et surtout des espèces de poissons (éperlan, hareng, sprat...) perturbés par l'action des hélices de navires dans la zone portuaire, sont au menu des espèces d'oiseaux marins comme la sterne caugek, la sterne pierregarin et la sterne naine. Elles couvent dans la zone flamande limitrophe “Kustbroedvogels à Zeebrugge-Heist” qui relève de la directive "Oiseaux" . Elle a été désignée comme zone de protection spéciale en raison de l'intérêt pour la sterne pierregarin et la mouette pygmée (environ 15 % de la population totale de notre mer du Nord).

La zone est très fréquentée par la navigation; aussi est-elle peu utilisée par les espèces avides de calme. À l'intérieur de la zone, c'est surtout le passage entre le Wenduinebank et les eaux plus profondes au Nord qui revêt un intérêt pour les sternes en tant que point de ravitaillement.

Outre les zones relevant de la directive "Oiseaux", toute la partie belge de la mer du Nord est essentielle à la survie d'un certain nombre d'espèces, telles que le grèbe huppé, le plongeon catmarin, la macreuse noire, la mouette pygmée, le goéland brun, le goéland marin, la sterne caugek, la sterne pierregarin et la sterne naine.