Zoals alle dieren worden walvisachtigen blootgesteld aan ziekten en biotoxines. Het aantal van die ziekten kent echter een stijging. Er is ook vastgesteld dat bij walvisachtigen nieuwe ziekten opduiken. Sommige van die ziekten kunnen worden overgedragen door de mens, andere zijn het resultaat van vervuiling, …
Recentelijk is vastgesteld dat walvisachtigen het slachtoffer geworden zijn van ziekten die enkel bij landdieren voorkwamen, en zelfs van typische ziekten voor fokdieren.
Het opduiken en de toename van die nieuwe ziekten is problematisch omdat het immuunsysteem van walvisachtigen door de (steeds groter wordende) vervuiling van het mariene milieu verzwakt kan worden. Dit probleem is nog weinig bekend, maar wordt zorgwekkend want die ziekten verzwakken dieren die al met talrijke gevaren geconfronteerd worden.
De IWC heeft een werkgroep opgericht rond opduikende en opnieuw opduikende ziekten bij walvisachtigen: CERD (Cetacean Emerging and Resurging Diseases).