In het Belgische deel van de Noordzee zijn een aantal gebieden geselecteerd om bedreigde soorten en habitats te beschermen:
Gebieden
• drie Vogelrichtlijngebieden (Speciale Beschermingszones SBZ1, SBZ2 en SBZ3);
• het Habitatrichtlijngebied “Vlaamse Banken”;
• het RAMSAR-gebied “Westelijke kustbanken”, gelegen tussen Oostende en de Franse grens tot een diepte van 6 m, dat is aangeduid voor de daar verblijvende zee-eenden en futen (Melanitta nigra, Melanitta fusca, Somateria molissima en Podiceps cristatus);
• het gericht natuurreservaat “Baai van Heist”, een gebied van ongeveer 0,65 km² dat aansluit bij het Vlaamse Strandreservaat “Baai van Heist” en dat gelegen is langs de oostelijke strekdam van de haven van Zeebrugge.
Voor deze gebieden zijn beleidsplannen opgesteld. De dienst Marien Milieu werkt met wetenschappers en stakeholders aan het opstellen van de instandhoudingsdoelstellingen (waarvoor een wetenschappelijk rapport is opgesteld) en aan maatregelen om de toestand van de bedreigde soorten, de zandbanken en riffen te verbeteren.