Op Belgisch niveau heeft het Protocol van Nagoya zowel betrekking op de bevoegdheden van de Gewesten, de Gemeenschappen als van de federale overheid. Dit werd bevestigd door de Interministeriële Conferentie Buitenlands Beleid.

In 2011 hebben de Ministers van de Interministeriële Conferentie Leefmilieu (ICL) de noodzaak bevestigd om een studie te verrichten om de mogelijke gevolgen voor het nationale recht en de Belgische reglementering van een ratificatie van het Protocol van Nagoya in kaart te brengen en te evalueren. Deze studie, die door de drie gewesten en de federale overheid is gefinancierd, werd door een representatieve contactgroep van de betrokken overheden geleid.

Deze studie werd in 2013 afgesloten en omvat een reeks belangrijke aanbevelingen voor de Belgische actoren. De resultaten van de studie tonen aan dat de implementatie van de fundamentele juridische principes van het Protocol in het belang van België is: de met kennis van zaken verleende toestemming (Prior Informed Consent, PIC) en het delen van voordelen (benefit‐sharing). De ratificatie van het Protocol is dus een prioriteit voor België. In de studie wordt een geleidelijke implementatie van het protocol aanbevolen. De eerste fase bestaat erin te voldoen aan de voornaamste verplichtingen van het Protocol om een snelle ratificatie ervan mogelijk te maken.

De federale overheid verbindt zich ertoe de aanbevelingen van de studie te volgen en de procedure voor de implementatie van dit Protocol in samenwerking met de Gewesten en de Gemeenschappen op te starten.