De Federale Milieu-Inspectie verricht controles in winkels, bij producenten, invoerders, uitvoerders, verdelers, groothandelaars en andere soorten in België gevestigde verkopers. Controles worden ook georganiseerd bij professionele gebruikers van chemische producten die als gevaarlijk worden beschouwd.
Soms communiceert de Federale Milieu-Inspectie vooraf met de marktdeelnemers van een sector om hen te herinneren aan de voorwaarden voor het in de handel brengen van producten en om een nakend bezoek van inspecteurs en controleurs aan te kondigen. Het nagestreefde doel is de hele productieketen verantwoordelijkheidszin bijbrengen, van fabrikant tot verkooppunt.
De inspecteurs en controleurs verrichten verschillende soorten controles: ze controleren documenten, verrichten technische controles of analyses in een laboratorium.
Ook worden controles georganiseerd in luchthavens, havens en andere plaatsen waar producten het Belgisch grondgebied binnenkomen. Verdachte zendingen worden onderzocht door de douane, die een beroep doet op de inspecteurs en controleurs van leefmilieu om inbreuken op de handel in soorten, hout, producten of chemische stoffen te beoordelen en vast te stellen. Stellen zij een inbreuk vast, dan wordt de invoervergunning geweigerd. De betrokken producten worden ofwel naar de afzender teruggestuurd (op zijn kosten) ofwel vernietigd.
Om deze controles tot een goed einde te brengen werkt de Federale Milieu-Inspectie samen met de Algemene Administratie van de Douane en Accijnzen van de FOD Financiën, het Federaal Agentschap voor de Veiligheid van de Voedselketen (FAVV) en de FOD Economie.
Almaar meer niet-conforme producten komen op de markt via de elektronische handel. Toezicht- en controlemaatregelen op E-commerce worden genomen door de inspectiediensten van de federale staat.