Voor het opstellen van een federaal rapport is de medewerking nodig van verschillende partners. De milieurapporten worden opgesteld door een begeleidingscomité dat wordt gecoördineerd door het DG Leefmilieu van de FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de Voedselketen en Leefmilieu. De andere leden zijn: 
De FOD Buitenlandse Zaken, Buitenlandse Handel en Ontwikkelingssamenwerking
De FOD Economie, K.M.O., Middenstand en Energie
De FOD Financiën
De FOD Binnenlandse Zaken
De FOD Justitie
Landsverdediging
Het Federaal Instituut voor Duurzame Ontwikkeling
Wetenschapsbeleid
De Beheerseenheid van het Mathematisch Model van de Noordzee en het Schelde-estuarium
De FOD Mobiliteit en Vervoer
Het Federaal Agentschap voor Nucleaire Controle
De Nationale instelling voor radioactief afval en verrijkte splijtstoffen
De Interdepartementale Commissie voor Duurzame Ontwikkeling

Er werd een wetenschappelijk comité opgericht om het DG Leefmilieu te ondersteunen bij de voorbereiding en uitvoering van het rapporteringsproces. Het is samengesteld uit acht leden met een wetenschappelijke opleiding, waaronder één persoon van het Nationaal Instituut voor de Statistiek, één persoon van de Task Force Duurzame Ontwikkeling van het Federaal Planbureau, één persoon van de POD Wetenschapsbeleid en één persoon van het DG Leefmilieu die het voorzitterschap ervan waarneemt. 

Ook andere partners verschaffen informatie voor het opstellen van de rapporten. Het betreft onder meer:
Het Federaal Agentschap voor de veiligheid van de voedselketen
Het Koninklijk Meteorologisch Instituut
Het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen