In uitvoering van zijn taken komen maandelijks het CCIM Bureau en Plenaire vergaderingen bijeen. Het CCIM Bureau, waarin vertegenwoordigers van de leefmilieuadministraties zetelen, bereidt de Plenaire vergaderingen van het CCIM voor. Behalve de bureauleden zijn de vertegenwoordigers van de betrokken gewestelijke en federale beleidscellen lid van de Plenaire vergadering.
De Directeur-Generaal van het DG Leefmilieu van de FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de Voedselketen en Leefmilieu zit het CCIM Bureau en de Plenaire vergadering voor. Het DG Leefmilieu zorgt ook voor het CCIM-secretariaat.

Voor het overleg over de verschillende milieuonderwerpen worden deskundigengroepen opgericht. Die verenigen alle betrokken ambtenaren met relevante expertise.
Een CCIM-stuurgroep heeft een algemeen mandaat en volgt:
• een algemeen milieuthema op, zoals lucht, water, bodem, afval of klimaat; of
• een transversaal thema op, zoals milieuwetgeving of het inzamelen en verwerken van milieugegevens.

Een CCIM-werkgroep behandelt specifiekere onderwerpen, zoals pesticiden of bijen.
Waar nodig worden voor tijdelijke aandachtspunten ad hoc CCIM-groepen opgericht.
Per specifiek EU-dossier in de Raad waarvoor een Belgisch standpunt is vereist, wordt ook een CCIM-piloot aangeduid. Die is met zijn netwerk verantwoordelijk voor de coördinatie van het Belgische standpunt op expertenniveau.