Aangezien het de bedoeling is om voedingsenzym per voedingsenzym na te gaan of het gebruik veilig is, nuttig is en of er geen misleiding is van de consument, is er een proces lopende waarbij gewerkt wordt in de richting van een positieve lijst van voedingsenzymen. Eens de lijst van toepassing is, kunnen enkel nog voedingsenzymen die op de lijst staan, legaal verkocht en gebruikt worden als voedingsenzymen, voor zover ze conform zijn aan de specificaties en gebruiksvoorwaarden die ook worden toegevoegd aan de lijst. Een nieuw voedingsenzym mag dan pas op de markt komen, als het eerst na een toelatingsprocedure is toegevoegd aan de positieve lijst. Aangezien er al jarenlang voedingsenzymen gebruikt worden, is er een hele overgangsperiode nodig, waarbij men ook de toelatingsprocedure moet doorlopen voor de bestaande voedingsenzymen. De deadline voor de indiening van dossiers was 11 maart 2015. In totaal werden er 300 dossiers ingediend . Alleen voedingsenzymen waarvoor een geldig dossier werd ingediend vóór deze deadline, komen tijdens de overgangsfase op het register. Het register is geen positieve lijst, maar een lijst van dossiers die onderzocht worden om op de eerste versie van de positieve lijst te komen. Later ingediende dossiers kunnen later leiden tot aanvullingen van die eerste lijst.

De positieve lijst betreft generische toelatingen, zoals dat ook het geval is voor levensmiddelenadditieven. Er komen dus geen namen van fabrikanten in de positieve lijst. Indien een toelating werd bekomen op basis van een dossier van één fabrikant, kunnen andere fabrikanten en de gebruikers hier dus mee van profiteren. Echter, samenwerking is ten zeerste aanbevolen. Als niemand een dossier indient, krijgt immers niemand een toelating. Dossiers kunnen ingediend worden door elke belanghebbende, bij voorbeeld een fabrikant, een federatie van fabrikanten, een invoerder, een bedrijf dat enzymen gebruikt of een federatie van gebruikers. Voor meer informatie over dossiervereisten en de toelatingsprocedure, verwijzen we naar verordeningen 1331/2008 en 234/2011 en de praktische leidraad van de Europese Commissie. Kortweg kunnen we zeggen dat een dossier conform de dossiervereisten moet ingediend worden bij de Europese Commissie. De risicobeoordeling wordt door EFSA uitgevoerd (met publicatie van de opinie op de website van EFSA), en de rest (nagaan van criteria misleiding, technisch nut, nood aan etikettering, en het nemen van risicomanagementsmaatregelen) gebeurt door het permanent comité voor planten, dieren, levensmiddelen en diervoeders, waarin de Europese Commissie voorstellen doet ter discussie en de stemming gebeurt door ambtenaren uit de lidstaten (met publicatie van het register en de verordeningen met de positieve lijst in het Publicatieblad van de Europese Unie).